Organi Komore su: Skupština Privredne komore RS, Upravni odbor, Nadzorni odbor i Predsjednik Privredne komore RS.

Skupština Privredne komore RS
Skupština je najviši organ Komore i ima 77 članova, koje biraju skupštine područnih privrednih komora, u skladu sa Statutom Privredne komore, Odlukom o raspisivanju izbora za članove Skupštine Komore, te Pravilnikom o izborima. Odluku o raspisivanju izbora za članove Skupštine donosi Skupština Komore, a ovom Odlukom se utvrđuje sastav članova Skupštine, poštujući principe teritorijalne i granske zastupljenosti. Princip teritorijalne zastupljenosti u Skupštini Komore podrazumjeva zastupljenost članova sa područja jedne Komore prema ekonomskoj snazi tog područja, pri čemu se misli na ukupan prihod i broj zaposlenih radnika u odnosu na ukupan prihod i broj zaposlenih radnika u Republici Srpskoj, vodeći pri tome računa o ravnomjernoj i odgovarajućoj zastupljenosti svih područja Republike Srpske. Granski princip podrazumjeva zastupljenosti pojedinih oblasti privrede prema učešću u društvenom proizvodu Republike Srpske, te odgovarajućoj zastupljenosti velikih, malih i srednjih preduzeća.

Poslovnik o radu Skupstine PK RS 2017

Upravni odbor
Upravni odbor Komore neposredno upravlja Komorom u skladu sa Zakonom i Statutom Privredne komore RS. Upravni odbor ima 17 članova, koje bira Skupština Komore iz reda istaknutih privrednika. Kriteriji za izbor članova Upravnog odbora utvrđeni su članom 29. Statuta, na način: dva člana sa područja Komore Banja Luka, dva člana sa područja Komore Bijeljina, dva člana sa područja Komore Doboj, jedan član sa područja Komore Istočno Sarajevo i jedan član sa područja Komore Trebinje. Između ostalog, nadležnosti Upravnog odbora su da provodi odluke i zaključke Skupštine Komore; utvrđuje prijedlog Statuta, pravilnika, odluka i drugih akata koje donosi Skupština; priprema prijedlog godišnjeg Programa rada Komore, Finansijskog plana, Izvještaja o radu Komore i godišnjeg obračuna Komore; inicira izradu programa razvoja i zastupa interese članova Komore u pogledu privrednog sistema, ekonomske politike i drugih pitanja od značaja za privredu Republike; donosi odluku o osnivanju organizacionih jedinica (kancelarija) i organizacija (instituti, biroi, agencije itd.); i rješava i ostala pitanja.

Nadzorni odbor
Nadzorni odbor Komore ima pet članova, koje bira Skupština Komore. Djelokrug rada Nadzornog odbora Komore obuhvata: kontrolu sprovođenja Statuta Komore i drugih opštih akata, način korišćenja sredstava Komore, finansijsko-materijalno poslovanje Komore i korišćenje sredstava za rad Stručne službe Komore, izvršavanje prava i obaveza Stručne službe Komore, uvid u izvršavanje obaveza članova Komore i druge poslove koje mu stavi u zadatak Skupština Komore.